在《绫波育成计划》，玩家会扮演一名刚刚被分配到第三新东京市的NERV成员（名字由玩家决定），阶级为三尉。在
会见指挥官碇源堂后，他被指派去照顾第一适任者——神秘的EVA驾驶员绫波丽，任期为2015年4月1日至2016年3月31日（“人类补完计划”发动日），包含了整个《EVA》系列动画以及剧场版《Air/真心为你》中的情节。
玩家需要决定绫波丽每周的行程，并在教育、NERV工作和休闲之间取得平衡。