公元2000年发生了一场被称为第二次冲击的前所未有的大浩劫，南极落下一颗大质量的陨石，造成海平面上升、天灾四起、经济崩溃、民族纷争、内战……
地球上的人口由50余亿锐减为20余亿；
公元2015年在全球复兴之际，人类渐渐从毁灭中站起来但新的危机又来了。
来路不明的“使徒”───某种巨大的战斗兵器群大举来袭，为了对抗他们，人类开发了“泛用人形决战兵器EVANGELION”。
公元2015年，初号机开发完成，在此也选出三位少男少女做为EVANGELION的驾驶员，人类未来的希望就落在这三个人的身上，故事也就从此刻开始……
《新世纪福音战士》（Neon Genesis Evangelion───以下简称：《EVA》）最开始是典型的机器人动画，故事注重描写战斗场景和人物回忆。
随着时间推移，故事逐渐变成对人物内心世界的精神分析式的叙述。
《EVA》中的对人物心理的精神分析式的描写，扑朔迷离、庞大复杂的故事情节，若干宗教、哲学、精神分析学符号的运用，都使得她在日本国内和国际上引起了巨大反响和争议并成为日本动画史上的一座里程碑。