在创下系列首发销售记录的同时，《宝可梦朱紫》也因BUG频发、帧数表现不佳等问题饱受玩家诟病，目前游戏Metacritic评分仅为2.8分，为系列历史最低。有多名玩家在Reddit上表示，自己向任天堂官方抱怨了游戏的性能表现不佳，同时申请数字版退款，他们的要求获得了Eshop方面的受理并且已经成功收到了退款。