《R—TYPE 战略版》的故事发生在遥远的未来。
人类在银河系附近发现了一种具有超强战斗能力的生命体。
这些未知生物不仅群居而且繁殖力和生命力都十分的惊人，因此人们逐渐关注起些位于遥远银河系的生命体。
然而未知生命体以人们无法想象的速度进行繁殖和移动，很快接近了太阳系。对这些生命体移动路线
进行计算后，人们不仅未知战栗，为什么在这纵横无尽的宇宙中，它们单单选择横跨太阳系而前进？
人们对于这种生命体的关心逐渐转变为恐惧，并为其取名为“Bydo”。
为了阻止Bydo的进攻，人类开发了拥有高机动性和与战舰匹敌的强大火力的次元战斗机，虽然依靠这些战机人类在局部战斗中获得了不少胜利，但是整个战局还是对人类十分不利。
终于，Bydo到达了太阳系边缘，此时的人类已经完全陷入恐慌之中，并且分成两大派别。
一派主战，认为应该将Bydo彻底击败、根绝；
另一派主退，认为战胜Bydo的希望渺茫，人类应该尽快放弃地球移民至其他星球。
就在两派争论不休只时，一位新上任的司令官向全体人类表明了自己的主张——“集结地球全部的剩余兵力向进入木星轨道的Bydo发起最后总攻”……