不久的将来，气候和地表已经发生变化，人类的生存空间也因此而愈加狭隘。
仿佛为了与这缓慢变化的世界相对应一般，在年轻一代间开始出现拥有特殊能力的人，他们被称之为“メティス”。
在不可思议事情早已成为逸闻趣事的上ヶ瀬市，以祐天寺集团为中心，很多企业共同出资对一部分浸水区域进行填充造地，并在这之上设立了一个专门培养教育特殊能力者的学校——澄之江学园（すみのえがくえん）。
主人公速瀬慶司本来过着和那些能力毫无半点瓜葛的日子，然而某一天，一个自称是学园代理者的人出现在他面前，并劝诱他进入澄之江学园就学。
之后，因某个偶然的契机，他加入了以调查学园周边问题并加以解决的组织——学园都市调查研究会（通称：アルゴノート）。
面对这至今都不曾体验过的新鲜每一天，多少会有点不知所措，但却也是让人雀跃的每一天。
可就在那样的日子里，关于二度开发的上ヶ瀬市和澄之江学园，让人不解的传言开始出现……