主人公神城芽衣和自己三个伙伴佐佐木静香、滕冈怜以及绪方千枝一行四人来到一座名为“彼方市”的神秘城市，这里流传着有关于某些超自然现象的传说。 而她们的目的就是一探这些传说的真实性，通过调查她们了解到城市中的神社正是超自然现象的发生地，于是她们决定前往，传说果然被证实了， 她们在那里遇到本不应该这个季节盛放的樱花树，同时一些黑色的影子堵住了她们的去路，原本准备绕行的她们没想到最终走散了， 神城芽衣失去了其他伙伴的踪迹，不过她并没有打算独自离开，她决定前往神秘之地的深处，寻找她们，故事由此展开。