从前，暗中活动在历史影子里的人被称为“忍者”。
忍者从事间谍、谋术、暗杀等工作，在背后支持大名和领主。
在现代——
忍者的后裔们住的村落，过着和以前同样修行的日子，但是已经没有像从前那么多的委托。
这时，“堇”被村里头领的父亲命令进行某个修行，从深山里的忍者村里走了出来。
但是，堇没有带钱也没有带食物就下山了，饿倒在路边。
在偶然路过的主人公的帮助下，为了报恩硬是在主人公的家中寄居了下来……