自小笠原归来已近一年。 初夏时分。 成为了高三学生的爱内周太，漫不经心地凝望着季节的变换， 无忧无虑的同学们，和平的日常， 没能归来的恋人，有村罗弥。 他只是茫然地注视着这一切，然后一直等待着。 就在这时他收到了彗星机构的头领“巫女”的来信。 于是他和伙伴们再次被卷入到关乎世界和彗星的阴谋之中。 最后的夏天即将开始。